新しい研究のためブラント博士が向かった先は太平洋のマリアナ海溝。そこでは最近２隻のボートが沈没していて、原因が分かっていません。もしかすると、博士が探している海の巨大な生物の仕業では…？ 急がないと博士があぶない！チームアトムは博士を助けるために現場へ向かいましたが、博士は喜ぶどころか研究の邪魔するなとご機嫌斜め。そんな中、巨大生物が住んでいると考えられる深海へと向かうとそこには…。はたしてチームアトムはミッションコンプリートできるかな？
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